治疗肛瘘可以通过药物，药物治疗可以减轻症状，控制病情的发展，但是不能够彻底的治愈。肛瘘急性感染期可以应用针对革兰阴性菌的抗生素或广谱抗生素，比如磺胺类药物、庆大霉素以及第二、三代头孢菌素或喹诺酮类。还可以应用抗厌氧菌的药物，比如甲硝唑、替硝唑等。如果肛瘘导致肛周肿胀、窦道水肿，还可以口服微循环调节剂比如迈之灵、地奥司明，抑制组胺和自由基产生，可以起到消肿止痛的作用。如果想彻底的根治肛瘘，还需要积极的行手术治疗，根据肛瘘的类型选择不同的手术方式。以上方案仅供参考，具体药品使用请结合自身情况在专业医生指导下用药。