男性龟头上有小疙瘩可能的原因：第一、阴茎的尖锐湿疣，它是一种疾病状态所致。是因为不洁的性接触感染人乳头瘤状病毒，属于性传播疾病。这时可以出现广泛分布的小疙瘩，可存在于龟头，也可存在于外生殖器其他的部位。表面不光滑，触碰时可有出血或者疼痛感。并且随着病情进展，其体积可进一步增大，相互融合可形成菜花样的肿块，甚至影响患者的排尿等。需要进行醋酸白试验检查或者进行局部切除，病理检查确诊。第二、阴茎的珍珠状丘疹，常常见于包皮过长、包茎或者局部卫生不良的患者，因长期慢性的刺激而形成肉芽样的突起，无任何的疼痛感、无出血、无分泌物。可长期存在，体积大小、数目等不发生明显的变化，这种情况没有传染性，也无需特殊处理。平时需要做好个人卫生，或者必要时进行包皮环切手术治疗。