肥厚性心肌病的治疗，应以缓解症状预防并发症和减少死亡危险为主要目标。应用的药物可以有β受体阻断药，使心肌收缩力减弱、减轻流出道梗阻、减少心肌氧耗、增加舒张期心室扩张，且能减慢心率增加心搏量，可应用普萘洛尔、美托洛尔。钙通道阻断药，对β受体阻断药治疗无效的患者，钙通道阻断药，可改善症状常常有效，可减轻左室流出道的压差，又能改善舒张期充盈及局部心肌血流，其中维拉帕米最为常用。抗心律失常药主要用于控制，快速型室性心律失常与心房颤动，常用的药物有胺碘酮。等药物治疗无效时，可考虑点击复律，该药在心脏成功复律后，可减少复发率。避免应用洋地黄类药物，除非合并房颤或收缩功能障碍。利尿药也应该禁忌使用。