结合酶是由蛋白质部分和非蛋白质部分组成，蛋白质部分即酶蛋白，决定反应的特异性，而非蛋白质多为小分子有机化合物或金属离子，决定反应的种类与性质。

酶通常是指由活细胞合成的对其特异底物起高效催化作用的蛋白质，是机体内催化各种代谢反应最主要的催化剂，但现在已发现存在核酶，其本质为RNA而非蛋白质，主要参与RNA的剪接。