小便刺痛的原因如下：1、泌尿系统感染疾病，比如肾盂肾炎、膀胱炎、尿道炎等，感染在加重后，均可对尿路系统造成损伤，就可引起小便刺痛的症状。2、一些性传播疾病也可导致小便刺痛，比如淋菌性尿道炎、尖锐湿疣、生殖器疱疹、非淋球菌性尿道炎等。3、如果在性生活的过程当中动作较大，对尿道造成了挤压伤，可能会使尿道内的黏膜出现水肿或者破溃，导致小便刺痛。4、如果进行过一些泌尿系统的有创检查，比如膀胱镜检查，如果操作不规范，就会对膀胱或尿道造成损伤，引起小便刺痛。