慢性细菌性痢疾仍以抗生素抗菌治疗为主要治疗措施，对痢疾杆菌有效的药物有喹诺酮类药物，如左氧氟沙星、环丙沙星、诺氟沙星等药物；三代头孢类抗菌素有头孢曲松钠、头孢哌酮舒巴坦等药物；氨基甙类抗菌素有丁胺卡那霉素等药物；还有中药提取物如黄连素。慢性细菌性痢疾，病人往往用过抗菌素，痢疾杆菌对上述药物往往产生了一定的耐药性，因此可以进行细菌药敏试验，选择有效的抗菌素，可以联合应用两种以上抗菌素来抗菌，增强疗效。也可以用中药辨证施治治疗，一般辨证为脾肾虚寒，可以用温补脾肾，固涩止泻的药物来治疗。