阴茎上长水泡与霉菌感染或生殖器疱疹有关，应及时去正规医院进行辨证治疗。阴茎长水泡的具体治疗如下：1、霉菌感染。阴茎上除了小水疱以外，龟头以及包皮表面有大量白色的分泌物，伴有恶臭，病人自觉瘙痒，可以选择酮康唑软膏局部外敷，还要保持包皮以及龟头局部的清洁与干燥，必要时可以配合伊曲康唑口服。2、生殖器疱疹。阴茎或者龟头表面有像葡萄串一样的水疱，水疱的周围有烧灼感，病人通常都有不安全的性生活史，一般建议病人选择泛昔洛韦或者更昔洛韦口服，外用药物可以选择阿昔洛韦乳膏涂抹，按疗程用药效果比较好，以免复发。