肝脏血管瘤的确切病因未明，一般认为是先天性发育异常导致的，也有认为是肝内毛细血管感染后变形，致使血管形成海绵状扩张。女性激素也被认为是血管瘤的致病因素之一。基本的病因包括先天性因素和后天性因素。先天性血管发育异常，通常认为是起源于血管内皮细胞的异常增生。后天因素主要与激素水平有关，体内雌激素、孕激素水平升高可导致肿瘤生长，这可能是女性肝血管瘤发病率较高的原因之一。也有学者认为是肝内毛细血管感染后变形，致毛细血管扩张成空泡状，其周围血管充血、扩张，区域性血循环滞留，致使血管形成海绵状扩张。女性青春期怀孕，口服避孕药，接受雌激素治疗的人群等也易发肝血管瘤。