如果肛瘘手术后疼痛应当寻找病因，然后积极的给予对症处理，常见的原因有以下几种：一，如果肛瘘手术后患者出现便秘，排大便不通畅，粪便干结，容易刺激肛瘘手术后的创面，引起疼痛等症状，应当积极的进行饮食调理，多吃一些容易消化的食物，避免辛辣刺激的饮食，必要时可以口服蜂蜜或液状石蜡油，润滑肠道，软化大便，减轻粪便对手术创面的刺激，减轻疼痛的症状。二，如果肛瘘手术后局部引流不通畅，会导致脓肿的形成，还应当积极的给予药物治疗，可以口服止痛药物对症治疗，也可以应用中药熏洗，常用的药物有止痛如神汤，还可以行脓肿引流，保持引流通畅，减轻症状。三，肛瘘手术后疼痛有可能是脓液、粪便刺激肛周的创面，术后还应当积极的活动，促进引流，保持局部清洁。