治疗食管反流的药物有抑酸药物、抗反流药物、促动力药物、黏膜保护药物、低剂量的抗抑郁药物、复方海藻酸钠。还可以进行针灸治疗、催眠疗法以及抗反流外科手术治疗。内镜治疗也是治疗反流的热点。常用的抑酸药物有质子泵抑制剂，比如泮托拉唑肠溶胶囊、奥美拉唑肠溶胶囊、雷贝拉唑肠溶胶囊，抗反流的药物有巴氯芬，胃肠道动力药物有多潘立酮片、莫沙必利片、西沙必利片等。腹腔镜下胃底折叠术可以有效的控制与双反流相关的胃食管反流病。