商标撤三后申请程序如下：

1、申请撤销连续三年停止使用注册商标有两条途径：

(一)委托国家认可的机构办理。

(二)申请人直接到商标局的大厅来办理。

2、办理步骤：

(一)委托商标代理机构办理的，申请人可以自愿选择任何一家国家认可的商标代理机构办理。

(二)申请人直接到商标注册大厅办理的，可以按照以下步骤办理：

准备申请书件→在商标注册大厅受理窗口提交申请书件→在打码窗口打收文条形码→在交费窗口缴纳申请规费→查收是否予以撤销注册商标的决定书

《商标法》第49条规定：注册商标连续三年停止使用的，任何单位或者个人可以向商标局申请撤销该注册商标。