支原体和衣原体感染可引起非淋菌性尿道炎等。支原体引起的人类疾病越来越受到关注，特别是和生殖健康有关的泌尿生殖系统疾病。从人泌尿生殖系统分离的支原体中，以人型支原体、解脲支原体、生殖支原体与泌尿生殖系统疾病最为相关。女性沙眼衣原体感染可引起的疾病包括有症状和无症状的宫颈炎、肝周围炎、急性输卵管炎等。在男性可引起尿道炎、附睾炎等。