慢性肾炎的病因，包括急性肾炎进展以及免疫因素介导所导致。一小部分慢性肾炎的患者是由于急性肾炎没有得到及时的治疗和控制而发展而来的，通常一般在急性肾炎发作后若干年后会出现慢性肾炎。常见的慢性肾炎是指慢性肾小球肾炎，它是由免疫因素介导而引起的炎症反应，通常是机体产生了针对肾小球的抗原抗体复合物，主要包括原位免疫复合物和循环免疫复合物，当沉积在肾小球时导致相应的损伤。免疫因素介导的肾小球肾炎类型，主要包括系膜增生性肾小球肾炎、系膜毛细血管性肾小球肾炎，以及IgA肾病和膜性肾病等病理类型。