孩子为何会得自闭症的原因并不是很清楚，目前认为以下几个因素有一定的关系：第一，遗传遗传因素，对自闭症的作用已越来越明确，但具体的遗传方式不明朗。第二，围生期因素，围生期各种并发症，如产伤，窒息等都较正常对照组多。第三，免疫系统异常，发现自闭症T淋巴细胞数量减少，辅助T细胞和B细胞的数量减少，抑制诱导T细胞缺乏,自然杀伤细胞的活性也降低。第四，神经内分泌和神经介质，与多种神经内分泌和神经介质功能失调有关。研究发现，自闭症患者的单胺系统，如5-羟色胺和儿茶酚发育不成熟，松果体丘脑下部，垂体，肾上腺素轴异常，导致5-羟色胺，内啡肽增加，促肾上腺皮质激素分泌减少。