淋菌性尿道炎主要是通过抗菌药物治疗，治疗的主要目标是阻断传播，同时避免自身感染加重和出现并发症。药物治疗由于个体差异较大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况，选择最适合的药物。淋菌性尿道炎治疗主要以抗菌药物治疗为主，以青霉素类药物为主，也可以使用头孢曲松、大观霉素等，感染初期可选用头孢曲松肌肉注射，同时口服喹诺酮类、头孢菌素或者复方磺胺甲恶唑等抗菌药。对于病情较重或合并生殖系统感染的，应适当延长药物使用疗程；对于不能明确是否存在有其他感染患者首选方案为肌肉注射头孢曲松和口服阿奇霉素联合使用，头孢曲松可以杀灭淋球菌，阿奇霉素对可能存在其它病原体，比如衣原体有效，阿奇霉素会导致肝酶升高，肝功能不全者慎用，用药期间可1～3个月复查一次肝功能。此外，若患者小便烧灼感或疼痛难以忍受可用非那吡啶来减轻症状。