肺结核确诊做的检查有痰涂片检查、痰培养法和纤维支气管镜检查。痰涂片检查是简单快速易行和可靠的方法，但欠敏感，还具有省时方便的优点，适用于痰检数量大的实验室。不过痰涂片阳性，不能区分是结核分枝杆菌还是非结核分枝杆菌。痰培养法、结核分支杆菌培养为痰结核分枝杆菌检查提供准确可靠的结果，灵敏度高于涂片法，常作为结核病诊断的金标准，同时也为药敏测定和菌种鉴定提供菌珠。纤维支气管镜检查，常应用于支气管结核和淋巴结支气管瘘的诊断。支气管结核表现为黏膜充血、溃疡糜烂、组织增生，形成瘢痕和支气管狭窄，可以在病灶部位钳取活体组织，进行病理学检查和结核分枝杆菌培养。对于肺内结核病灶，可以采集分泌物或冲洗液标本做病原体检查，也可以经过支气管肺活检获取标本检查。