金霉素眼膏和红霉素眼膏的区别在于抗菌谱不一样。金霉素眼膏抗菌谱是属于四环素类，而红霉素眼膏属于大环内酯类的抗生素。红霉素眼膏主要是杀革兰氏阳性球菌。金霉素抗菌谱相对比较广些，对革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌，都有一定的效果。但是金霉素眼膏和红霉素眼膏，都是目前常用于眼部的抗生素眼膏。