韦格纳肉芽肿患者常应用的药物是糖皮质激素和免疫抑制剂，其中糖皮质激素，口服一般是应用泼尼松。如果患者有肝脏受损的情况，可以改用甲泼尼龙，它的具体剂量是和患者的病情严重程度相关的，不同的患者选用的免疫抑制剂也是不同的。但是环磷酰胺是首选的药物，随着患者的病情缓解以及控制，可以将环磷酰胺逐渐减量或者是改为口服药物维持治疗。