阴茎的皮肤疼痛可能的原因：1、包皮炎，这时可以出现阴茎皮肤的红肿，并且出现黏膜破溃等表现，常见于包皮过长或包茎的患者，因长期卫生较差或局部存在包皮垢，慢性刺激引起，需要进行局部的抗炎治疗，炎症治愈后进行包皮环切手术治疗。2、局部皮肤的溃疡或急性过敏等，如阴茎根部或阴茎体部的皮肤，通过异常的接触过敏原，出现局部的损伤形成慢性的溃疡，都可以造成局部皮肤疼痛。体格检查可见局部出现红点红斑，出现局部的皮肤损害、浅表溃疡等改变。3、神经性的放射疼痛，比如出现腹股沟区的感染、阴茎海绵体感染，出现尿道内的疾病，比如尿道炎或尿道结石等，引起局部放射性的疼痛、神经放射性的疼痛。这时进行体格检查可见皮肤完整性良好，没有存在有局部的破损。但可能存在其他的并发症，比如腹股沟区的疼痛或尿频、尿急、龟头处疼痛等，需要进一步的检查才能明确。