治疗牙周病的全身药物应用主要是抗菌药物最多。应用于牙周病的全身的抗菌药物主要是。第一类、硝基咪唑类药物。有甲硝唑、替硝唑和奥硝唑。第二类、四环素族药物。有四环素、多西环素和米诺环素。第三类、青霉素类药物。主要在临床上应用于牙周病的青霉素类药物是阿莫西林。第四类、大环内酯类药物。要是螺旋霉素。以上就是应用于牙周病的全身主要的抗菌药物。另外牙周病也可以应用漱口水或者局部药物，也是抗菌药物应居多；其中漱口水最为常用的是氯己定含漱液。