小腿后侧疼痛主要原因：第一种、腿部剧烈运动或者长时间跑步、寒冷环境刺激，大量乳酸堆积引起小腿后侧疼痛。第二种、腰椎间盘突出以及椎管狭窄压迫神经根导致小腿后侧方出现疼痛，伴有放散性疼痛。第三种、受到了外伤或者长期慢性劳损性疾病导致肌筋膜炎，反复引起小腿后侧疼痛。