扁桃体肿大选择的药物，需要根据病因来综合进行分析，具体如下：1、由于病毒感染引起：临床上主要是以抗病毒药物治疗，效果比较好，比如连花清瘟胶囊、板蓝根颗粒、抗病毒口服液等。2、由于细菌感染引起：可以联合使用抗生素，效果比较好，临床上可以选择头孢克肟、头孢地尼，也可以选择阿莫西林或者是阿奇霉素等药物。在治疗期间需要注意多喝水，多吃新鲜的水果，有助于缓解扁桃体肿大的症状，期间不可以吃辛辣，以及对咽喉黏膜产生刺激性的食物。