两种疾病发作部位不一样，扁桃体炎主要是发作在扁桃体，属于一种非特异性炎症，有的是急性发作，有的是慢性炎症，会使患者出现咽痛，有的患者颌下淋巴结会出现肿大现象，而慢性的炎症，有时会使患者咽部发干发痒，或感觉有异物存在，有的时候还会出现刺激咳嗽。而咽炎主要发作部位是在咽部，患者的咽部粘膜，或粘膜下的淋巴组织出现炎症，会使患者出现咽痛或咽部不适，有时也会感觉咽部有异物感，经常出现咽部疲劳，有时会有疼痛。