甲状腺囊肿的病因是由于甲状腺素原料缺乏，环境缺碘是引起甲状腺肿的主要因素，甲状腺素需要量增加，青春发育期，妊娠期或绝经期的妇女对甲状腺素需要量增高，甲状腺素合成和分泌障碍引起甲状腺肿，出现结节，出现甲状腺囊肿。