小腹痛、腰痛的原因有：脏器炎症、月经、早孕或者盆腔炎等。1.脏器炎症：常见于急性胃炎、急性肠炎、急性肝炎、急性胆囊炎、急性胰腺炎、急性阑尾炎、急性腹膜炎及急性肾盂肾炎等。2.月经：月经因素导致这种症状。有很多女性存在月经期间下腹部腰部疼痛的症状，尤其是在月经来潮之前或者在月经快要过去的时候，下腹部疼痛腰痛的现象非常的明显。而且这个时候到医院检查一般都检查不出来有器质性病变，我们把这种情况叫作原发性痛经。3.早孕：早孕反应导致的小腹胀痛和腰酸。在怀孕早期会出现并不是十分剧烈的小腹部疼痛和不适应的感觉，这种感觉一般持续的时间并不长，同时还会伴随呕吐现象，这些都是属于正常的早孕反应。4.盆腔炎：慢性盆腔炎是妇科的常见疾病，表现为腹痛、腰骶部的酸痛。主要原因是当盆腔内有炎症时，盆腔内会发生炎性变化，充血、水肿、结缔组织发生粘连等会直接压迫腰骶神经，致使腰部出现压痛感，从而引起腰骶疼痛的刺激症状。