生理性囊肿一般只针对发生在女性卵巢部位的囊性病变。其他部位的囊性病变都是病理性的，不存在生理性囊肿的说法。卵巢部位的生理性囊肿，主要根据其体积大小进行判断。通常情况下，卵巢部位的3.0厘米以下的囊肿都认为是生理性的，考虑可能是成熟的卵泡没有破裂而形成的囊性结构；或者是黄素化的囊肿。这些生理性的囊肿在三个月以内一般都能自行破裂消失。所以，当发现卵巢上有三厘米以内的囊性结构时，可以在三个月后做超声检查，进一步评估。如果已经破裂消失就属于生理性的，持续存在则属于病理性的。