肛瘘有间歇期和发作期。间歇期无明显症状，此时可不用药。发作期出现流脓、红肿、疼痛，如果不立即手术，可采取口服头孢类抗生素、药物的局部的坐浴、外敷抗菌软膏。手术是治疗肛瘘的主要手段，基本原则是祛除病灶，通畅引流，尽可能减少括约肌的损伤，保护肛门功能，可以将肛瘘切除，高位的肛瘘可以结合挂线，促进创面逐渐的愈合。术后要饮食上清淡，避免辛辣刺激性食物，多吃富含维生素蔬菜或水果，预防便秘，定期局部坐浴，保持肛周干净，促进创面逐渐愈合。