生殖器疱疹的治疗主要是使用抗病毒的药物，内服和外用治疗。通常内服的选择伐昔洛韦、泛昔洛韦、更昔洛韦，或者阿昔洛韦等。局部使用阿昔洛韦软膏，或者喷昔洛韦软膏，由于生殖器疱疹跟机体免疫力低下有关系，还要配合使用增强免疫的药物，如转移因子口服液，匹多莫德分散片或者胸腺肽肠溶片等。同时生殖器疱疹在治疗时要保证充足的睡眠，清淡饮食，避免熬夜，禁止性生活，在饮食上也要避免过于辛辣刺激性食物。