以去除局部增生性疣体为主，必须采用综合治疗。一般治疗为治疗诱因如包皮过长阴道炎、包皮龟头炎、淋病等，支持治疗提高机体免疫力。药物治疗有0.5%鬼臼毒素酊用于治疗直径小于10毫米的生殖器疣体，临床治愈率可高达90%左右。冷冻治疗利用零下196摄氏度低温的液氮，采用压冻法治疗尖锐湿疣，促进组织坏死脱落。激光治疗通常用二氧化碳激光采用烧灼法治疗尖锐湿疣，对单发或少量多发疣体可进行一次性治疗。免疫疗法不主张单独使用可作为辅助治疗及预防复发，可用干扰素肌肉、皮下和损害基底部注射。日常护理治疗期间严禁性生活，尤其是疣体未完全消退时严禁性交，以防加重病情扩散和传染给他人。治疗期间患者要注意休息特别是要精神放松，避免过度紧张，在医生的指导下进行用药。