女性上厕所小肚子疼痛，则建议到医院检查明确可能的原因。1、急性尿道炎或者膀胱炎，可以造成小便时小肚子疼痛的症状，可伴有尿频、尿急或者明显尿不尽感症状，严重患者还可能出现肉眼血尿的情况。建议到医院进行尿液化验检查，明确有无感染存在。2、膀胱或者尿道结石，可以造成小便时小腹部疼痛的症状，可伴有排尿中断现象或者肉眼血尿的现象，需要进行泌尿道B超检查，进一步排除有无结石。3、膀胱肿瘤也可以造成小便时小腹部疼痛，尤其肿瘤体积较大造成膀胱黏膜或者基层破坏时，则疼痛比较明显，早期还可伴有无痛性肉眼血尿。建议患者进行泌尿系统的B超或者膀胱镜等检查，进一步的确诊。