慢性结肠炎可以吃抗菌素，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂，肠道微生态制剂等药物。慢性结肠炎主要包括肠结核，溃疡性结肠炎，克罗恩病等，可以做肠镜检查，明确诊断。肠结核主要是因为结核杆菌引起的慢性肠道炎症，可以选择抗结核药物治疗，疗程需要半年到九个月；溃疡性结肠炎和克罗恩病同属于炎症性肠病，是一种多病因引起的，与自身免疫异常相关的慢性反复发作性的肠道炎症，可以选择氨基水杨酸类药物，糖皮质激素，免疫抑制剂，生物制剂等治疗。疗程需要两年以上，有些患者需要终身维持治疗。肠道微生态制剂，如复方嗜酸乳杆菌，双歧杆菌，酪酸菌等，对缓解腹痛，腹胀，腹泻有一定效果。