阴茎上长水泡的原因主要有以下几点。第一点就是生殖器疱疹，生殖器疱疹属于性病的一种，通过性生活进行传播的，主要表现为阴茎上有红色斑丘疹，同时伴有水泡。如果水泡破溃以后就会形成渗液，并且进行干燥结痂，需要及时进行抗病毒治疗。第二点就是过敏导致的水泡，主要表现在阴茎和龟头上，需要及时到医院进行过敏原的检查，然后使用抗过敏药物进行治疗。第三点就是细菌感染导致的水泡，可以在医生指导下使用消炎软膏来涂抹患处，同时用碘伏进行消毒。