射精后龟头疼痛主要由尿道炎、前列腺炎、精囊炎引起的可能性大。尿道炎是因为细菌或者病毒感染导致，出现小便疼痛、尿频、尿急，射精后龟头疼痛。尿道炎治疗不彻底，容易上行引起前列腺炎和精囊炎，射精时会有前列腺、精囊，充血、肿胀，射精后有时伴有龟头疼痛、尿道疼痛。确诊原因需要化验尿常规，必要时做前列腺液检查，根据结果对症治疗。以上健康科普知识仅供参考，具体情况需到正规医院检查，由专业医师进行判断。