男性尿痛的原因有以下几种：一、尿路感染。尿道粘膜在受到炎症刺激后，可导致疼痛，还伴有尿急、尿频等症状，需要进行尿常规、尿液培养等检查确诊；二、泌尿系统肿瘤或结石也会导致尿痛，需要进行尿常规、泌尿系统彩超、泌尿系统CT等检查确诊。如果为结石所引起，应当根据结石的大小以及位置，采取相应的排石方法。若为肿瘤引起，应当将肿瘤切除，并且提取肿瘤的部分组织进行病理化验，排除恶性肿瘤的可能。