地衣芽孢杆菌活菌胶囊的疗程没有固定的，需要因病而异、因人而异。地衣芽孢杆菌活菌胶囊主要用于治疗因为菌群紊乱导致的腹泻，或者因为使用抗生素导致的抗生素相关的腹泻。地衣芽孢杆菌本身不是肠道的正常居民，它进入肠道以后会吸收肠道中大量的氧，从而抑制肠道中需氧菌的生长，而保护肠道中原有的厌氧菌这些居民，因而能够恢复肠道菌群，发挥治疗菌群紊乱相关的疾病。地衣芽孢杆菌活菌服用一个星期到一个月左右，疾病就能够得到很好的控制。但是会发现有些老年人，服用地衣芽孢杆菌以后治疗了他们的长期慢性腹泻，或者是长期便秘，因而他们会经常吃，按月吃。因为地芽孢杆菌可以经过1-2天的时间从粪便中排泄出去，所以不会带来严重的后果。这种服用方法虽然没有确切的证据，但是事实上有很多人正在这样服用，所以地衣芽孢杆菌活菌胶囊一般吃多久，没有一个定论。