任何手术都存在风险及可能出现术后并发症，青光眼手术也不例外。但不是每个患者都会出现并发症，这与患者的配合、眼睛的状况、医生的操作等多种原因有关。常见的青光眼滤过手术术后并发症包括：麻醉意外、出血、疼痛、感染、视力下降或丧失、术后浅前房及无前房，滤过泡形成不良，前房及脉络膜上腔驱逐性出血、滤过泡漏、恶性青光眼、脉络膜脱离、视网膜脱离、白内障加重、眼内炎、交感性眼炎等。