假膜性结肠炎需要在医生指导下积极的停用抗生素，加强对症支持治疗。如果严重的患者可以给予抗难辨梭状芽孢杆菌的抗生素，或者是抗毒素治疗。极少数的病例可能因为肠梗阻或者是穿孔，需要手术治疗，注意加强支持治疗，调整肠道的正常菌群。另外通过粪便的微生物移植治疗，将健康经筛选的捐献者的粪便移植到患者肠道内，也可以提高假膜性结肠炎的治愈率。假膜性结肠炎的发生，主要是由于肠道菌群失调，或者是肠黏膜受到损害引起的。常见的原因有抗生素的过量使用、手术的损伤，或者是炎症性肠病等引起。精神紧张，也会导致患病风险的增加。