肾结石的治疗首选泌尿外科，然后根据结石的病因，选择其他科室继续治疗。当结石的形成存在代谢因素，比如甲状旁腺亢进，导致激素分泌过多，血液中钙浓度升高，形成高钙血症，这时需要选择内分泌科或甲状腺外科治疗。当肾小管酸中毒形成的肾结石，需要选择肾内科治疗。此外，胱氨酸尿，高草酸尿，甚至高尿酸尿，这些同样需要选择内分泌科治疗。痛风患者形成的肾结石，需要选择风湿免疫科治疗。还有梗阻因素引起的肾结石，比如肾盂输尿管连接处狭窄，异位血管压迫输尿管引起的肾结石，需要选择泌尿外科进行手术治疗。