鼻咽癌的具体病因目前并未完全明，但临床表明大部分病人是与遗传因素、病毒感染、环境因素、生活方式以及维生素的缺乏或体内激素的失调等因素有关。鼻咽癌病人一般有家族病史或家族聚集的现象；爱泼斯坦-巴尔病毒（EBV）易潜伏在鼻咽部的黏膜处，随着病毒的逐渐复制会导致黏膜上皮的癌变。居住区域环境日益恶化，空气中含有大量的镍也会引起鼻咽癌素；患者长期吃高盐腌鱼和肉等腌制食品，经常接触到亚硝酸胺，也会诱发鼻咽癌。大量饮酒、吸烟等不规律生活，鼻咽癌出现的概率也会比较高。