消化不良腹泻时，建议服用以下药物治疗。第一种为消化酶类制剂。例如复方消化酶，胰酶肠溶胶囊。第二种为助消化的药物，例如促进胃肠动力药物，多潘立酮，莫沙必利或者伊托必利。此外，还有一些复方制剂，例如复方阿嗪米特肠溶片，主要能减轻患者的腹胀，也能助消化。此外，还有肠道益生菌，比如金双歧，整肠生，复方嗜酸乳杆菌等调节肠道菌群的药物。此外，消化不良腹泻时建议饮食清淡，避免进食油腻难消化的食物。