子宫内膜异位症的治疗目标是减少和去除病灶，减轻和控制疼痛，治疗和促进生育，减少和预防复发。医生会根据患者的年龄、症状、体征、病变范围，以及对生育要求等选择个体化的治疗方法，主要包括期待治疗、药物治疗、手术治疗和联合治疗等。症状轻或没有症状的轻微病变，可选择期待治疗，不采取任何治疗措施，观察疾病的发展状况。有生育要求的轻度患者在明确诊断后可先行药物治疗，病情重者行保留生育功能手术。年轻没有生育要求的重症患者，可行保留卵巢功能手术，并辅以药物治疗。症状及病变均严重，且无生育要求的患者可行子宫和双附件切除以及病灶清除手术。