精子畸形率高的原因如下：1.生殖系统疾病。比如精囊炎、睾丸炎、精索静脉曲张等，均有可能会导致精子畸形，也会影响到精子的质量、数量、活动率等，甚至会导致男性不育。2.长期吸烟。如果男性长期吸烟，也有可能会导致精子畸形率提高，也容易使胎儿的产前死亡率以及致畸率增高，因此备孕期的男性应当禁止吸烟。3.环境因素。经常处于恶劣的环境当中，比如经常接触汽车尾气或者是接触一些化学用品，也会使精子畸形率提高。此外，精子畸形率高还可能为内分泌异常、长期服用药物、长期放射线照射等因素所引起。