咳嗽肚子两侧疼，很可能是剧烈咳嗽造成肌肉拉伤的原因引起。这种情况需要选择应用非甾体类的消炎止痛药物，或者缓解肌肉痉挛的药物进行止痛治疗。需要查明咳嗽的原因，如果咳嗽是属于感染的原因造成，可以针对感染应用抗生素或者抗病毒的药物控制感染，并且针对性咳嗽性质，干咳应用镇咳的药物，咳嗽有痰应用化痰止咳的药物治疗。