一般药物治疗，细菌性的要使用广普的抗生素，常用的有左氧氟沙星滴眼剂、妥布霉素滴眼剂。口服药物可以使用头孢呋辛酯片、阿莫西林胶囊，病情严重，可以全身静滴头孢类的药物。病毒类的结膜炎，一般使用抗病毒类的滴眼剂，如阿昔洛韦、更昔洛韦等，可以口服或静脉使用抗病毒的药物。结膜炎的治疗原则是针对病因进行治疗，主要包括控制炎症，恢复和维持正常的视功能，治疗潜在的全身性疾病，以及减少或或防止眼部受损。治疗时是以局部用药为主，必要时给予全身用药，急性期频繁地利用合适的滴眼剂，睡前可以使用消炎的眼药膏发挥持续作用。分泌物较多时，可以用生理盐水冲洗结膜囊，但是冲洗时注意防止将液体流入健康眼睛，以免交叉感染。急性期不要包扎患眼。传染性结膜炎，注意隔离，严格消毒患者使用过的洗脸毛巾，脸盆等。