总是低热伴有头痛要考虑两种情况：1、由全身性疾病伴有发热引起的血管性头痛，长期低热以结核感染最为多见，患者可能有肺结核或其他消化系统结核等，可以导致血管性头痛发生，其病因和血管收缩扩张功能障碍有关。2、考虑是否为中枢神经系统感染，病毒性脑炎、细菌性脑炎以及结核性脑炎等，都可能会导致发热伴有头痛，头痛有脑膜刺激征阳性，查体时有颈项强直、克氏征和布氏征阳性。做腰椎穿刺脑脊液检查，能够发现脑脊液压力升高，并且有脑脊液中的白细胞明显升高，有细菌感染时还伴有糖和氯化物下降，头颅磁共振检查也能够一定程度上帮助鉴别。