排尿疼痛的原因有泌尿系感染以及膀胱或后尿道结石导致。泌尿系感染，如急性或慢性膀胱炎、尿道炎，由于炎症造成膀胱黏膜与后尿道的刺激，造成膀胱区以及后尿道组织产生痉挛，导致排尿痛的发生。膀胱结石或后尿道结石，排尿时下尿路的阻力增强，同样导致膀胱肌组织或尿道肌肉组织的痉挛，导致疼痛的发生。尿痛的少见的原因还有膀胱或后尿道的肿瘤，由于肿瘤导致排尿时(下尿路)阻力增加，可能导致尿痛的发生。