芦荟胶囊中含有大量的氨基酸、维生素、多糖、嘌呤类物质、蒽醌类化合物以及各种的酶、矿物质等。部分的芦荟胶囊，还含有皂角苷等物质，不同厂家的芦荟胶囊因含有的化学物质各不相同，因此其副作用也是各不相同。常见的副作用主要是：第一，因为芦荟胶囊中含有蒽醌类的物质，长期服用芦荟胶囊进行通便、减肥、塑身等，可能会导致结肠黑变病。长此以往，不利于肠道的健康，甚至有可能导致一些严重的肠道疾病。第二，部分厂家的芦荟胶囊里面含有比较多的嘌呤类物质，如果长期服用，有可能会导致痛风。第三，部分厂家的芦荟胶囊中含有皂角苷类物质，虽然可以预防动脉粥样硬化，但是它也可以影响我们机体的碘代谢，如果长期服用这类的芦荟胶囊有可能导致身体的缺碘，会出现一些缺碘性疾病。第四，部分厂家的芦荟胶囊，长期服用的话，有可能会影响一些电解质和微量元素的代谢，也可能影响一些维生素的吸收。常见的有：铁缺乏引起的缺铁性贫血，维生素缺乏引起的糙皮病等等。