肠炎的基本病因主要有以下几点：第一，病原微生物感染，包括病毒，细菌结核，真菌。第二，机体免疫功能异常，比如炎症性肠病，包括克罗恩病，以及溃疡性结肠炎。第三，物理因素，比如接受放射治疗后引起的肠道损伤。第四，肠道缺血，比如因为各种原因，比如血栓或者血管斑块引起的肠系膜血管堵塞。第五，遗传因素，比如炎症性肠病具有遗传倾向。第六，其他原因，比如长期应用广谱抗生素，可出现菌群失调性肠炎。