肠易激综合征目前不能完全治愈，既没有找到一种完全有效的治疗方案，也不能找到一种药物可以完全有效的治疗各种类型的肠易激综合征。肠易激综合征的治疗原则是建立在对每位患者症状的类型和严重程度，进行分析和评估的基础上，遵循个体化的原则，采用综合的治疗措施。其中包括一般治疗，药物治疗，饮食治疗和心理治疗等。在药物治疗方面，有腹痛的患者使用解痉剂，如匹维溴铵，奥替溴胺等。对于腹泻型肠易激综合征，可以选用阿洛司琼，昂丹司琼等。对于便秘型肠易激综合征可以选择鲁比前列醇，利那洛肽等。肠易激综合征的患者普遍存在肠道菌群失调，因此可以选用微生态制剂（益生菌，益生元和合生元）及抗生素治疗。