对于褪黑素是否具有副作用尚有争议，目前最常报告的副作用是嗜睡(某种意义上说，这也是人们想要的效果)和头痛，尚没有发现其他严重的副作用问题。合理正常地使用，完全没有必要过分担心。服用褪黑素也只是作为一种辅助手段，更重要的是养成良好的睡眠习惯。失眠症状较轻的可以先采用物理疗法，如改善睡眠卫生，创造舒适的睡眠环境等；症状较重的可以配合物理、心理及药物多种方式综合治疗。